Ưu thế lai và giao phối cận huyết rất quan trọng trong chăn nuôi lợn. Lai tạo giữa các dòng giống khác nhau tạo nên ưu thế lai, còn giao phối cận huyết xảy ra khi thực hiện nhân giống thuần. Lai tạo giữa các dòng giống khác nhau cải thiện năng suất, ngược lại giao phối cận huyết lại làm giảm năng suất, đặc biệt là ở tính trạng sinh sản.
Các gen được di truyền theo cặp, một từ bố và một từ mẹ. Ưu thế lai làm tăng số lượng các cặp alen khác nhau và làm tăng dị hợp tử, dẫn đến làm át những alen lặn không mong muốn từ bố hoặc mẹ này do các alen trội từ bố hoặc mẹ khác. Kết quả giao phối cận huyết tạo nên đồng hợp tử, làm tăng nguy cơ con cái bị ảnh hưởng bởi những tính trạng lặn hoặc có hại.